No conjunto das colónias criadas pela JCI, a Colónia Agrícola de Pegões (Montijo) apresenta várias especificidades. Tratou-se da única constituída a sul do Rio Tejo, numa região quase despovoada e não ocupou terrenos baldios. Na década de 1930, a herdade já era do Estado, doada por um benemérito, que nos anos 20 tentara desenvolver a colonização para fixar mão-de-obra necessária para trabalhar nas terras que tinha em exploração direta. 

O desbravamento iniciou-se ainda na década de 1920, mas foi a partir da ação da JCI, com base num projeto de 1942, que a colonização se desenvolveu. Além da reorganização das áreas já intervencionadas, a JCI dividiu a colónia em 4 núcleos: Faias, Figueiras, Pegões Velhos e Vale da Judia. As obras começaram em 1947, sendo construídos 206 casais. Prevendo-se a instalação de 2.500 habitantes, os primeiros colonos foram admitidos em 1952. Se, a partir da década de 1960, a expansão urbana e industrial nesta zona da margem Sul do rio Tejo foi integrando a colónia em dinâmicas suburbanas, muitas parcelas continuam dedicadas à agricultura.  

Cada casal estava associado a áreas de terra que variavam entre os 15 e os 20 hectares, distribuídos por várias parcelas para desenvolver produção agrícola e pecuária. Duas parcelas eram de sequeiro, uma destinada a cultivos sazonais (milho, tremocilho, trigo, serradela e centeio) e outra à vinha. Para a parcela destinada ao regadio (beterraba, trigo, milharada, trevo encarnado com centeio, batata, nabo, cebola, tomate, pimentão e laranja) foi construído um sistema de distribuição de água. Este era um modelo de exploração agrícola parecido com o que faziam os outros agricultores das proximidades. Tal como se verificava nas outras colónias, a JCI procurou assegurar o acesso dos colonos a água que viabilizasse a prática de algumas culturas de regadio, mas o que predominava era o sequeiro. 

As habitações apresentam várias tipologias, remetendo para diferentes projetos e arquitetos. O primeiro, anterior a 1948, terá sido concebido pelo arquiteto Eugénio Corrêa (não está assinado). Outra tipologia foi desenvolvida pelo arquiteto António Trigo em 1950. Trata-se de redesenhar o edificado anterior, reduzindo a área bruta do conjunto de 190m2 para 157m2. A conceção da terceira tipologia esteve a cargo do arquiteto Maurício Trindade Chagas em 1950, tratando-se de uma adaptação do que foi construído na CA de Gafanha. Tal como na CA de Barroso, verifica-se a conjugação num único edifício as dependências de habitação e apoio às atividades agrícolas e pecuárias, articuladas por um pátio coberto. O conjunto resulta numa exaltação da casa como ponto de referência no território pela sua envergadura, qualidade construtiva, interpretação regionalista da arquitectura e implantação orgânica no território. A excepção é no núcleo das Figueiras que segue um sistema ortogonal pelo seu sistema artificial de rega através de aqueduto. Esta marca indelével na paisagem persiste até agora, mesmo apesar das diferentes alterações arquitectónicas que caracterizam o edificado.

A colónia dispunha de equipamentos de uso coletivo distribuídos pelos diferentes núcleos. O conjunto no núcleo de Pegões Velhos, desenhados por Eugénio Corrêa, destaca-se pela sua singularidade com a Igreja de Santo Isidro de Pegões, escolas primárias, habitações para os docentes e para o pároco. A JCI concentrou em Pegões várias valências de formação e apoio técnico, que muitas vezes levaram a juntar aqui os colonos de outras colónias do país. Saliente-se a construção, no final da década de 1950, do edifício da Adega Cooperativa de Pegões, do arquitecto Vasco Lobo, organização que continua com uma grande atividade e reconhecimento da qualidade dos vinhos que produz.